Baptisti – bola pôvodne prezývka našich predchodcov. Pochádza pôvodne z gréckeho baptizein – krstiť, ponoriť. Poukazuje na to, že zastávame krst tých, čo sa slobodne rozhodli pre Pána Ježiša Krista, uverili evanjeliu, činili pokánie a prijali milosť odpustenia svojich hriechov. Na základe tejto viery sú bratia a sestry pokrstení. Má to byť potvrdením, že nechceme byť formálnymi kresťanmi.
Za našich predchodcov považujeme čiastočne aj anabaptistov, ako radikálne krídlo svetovej reformácie. V 16. storočí unikli pred prenasledovaním zo Švajčiarska cez Nemecko na južnú Moravu a od roku 1546 aj do Uhorska, na dnešné západné Slovensko. Tu zakladali „bratské dvory“. Boli to komunity päťdesiatich až šesťdesiatich rodín. Sú známi pod menom Habáni. Ich počet dosahoval až päťdesiat tisíc členov. Boli to prísne biblicky vedené spoločenstvá. Preto prežívali Božie požehnanie a dosahovali vysokú úroveň v remeslách a hospodárení. Po bitke na Bielej hore (1620) museli i Habáni opustiť Moravu a väčšina z nich prešla cez hranice do Uhroska, na Záhorie, kde pôsobili ešte vyše 100 rokov, až do roku 1763. Historická kontinuita s anabaptistami bola pretrhnutá na vyše sto rokov. Na našom území začali vznikať prvé skupiny baptistov okolo roku 1875, ako výsledok misie nemeckých a pozdejšie amerických bratov.
Bratská jednota baptistov vznikala na Slovensku ešte pred prvou svetovou vojnou. Už v období medzi oboma svetovými vojnami existovali na Slovensku vlastne dve jednoty – slovenská a československá. Od vzniku federácie v roku 1968 existovali v ČSSR už tri jednoty. Ešte rok po rozdelení Československa existovala spoločná BJB Čechov a Slovákov. BJB je voľnejším zväzkom samostatných cirkevných zborov.